Фундуклеївська жіноча гімназія була заснована 19 січня 1860 (7-го по ст. ст.) року. Ініціатором та головним організатором створення першої жіночої гімназії був колишній київський губернатор, відомий меценат Іван Фундуклей, який не лише пожертвував на користь гімназії власну садибу, але й виділив з власних статків щорічні кошти на її утримання. На подяку за пожертву іменем мецената була названа як сама гімназія, так і вулиця, на якій вона розташовувалася (зараз вулиця Богдана Хмельницького).
Реформа жіночої освіти в країні почалася в 1857 році, коли уряд затвердив проект, розроблений професором Н.А.Вишнеградським. Перетвореннями передбачалося установа в губернських і великих повітових містах училищ для дівчат із сімей всіх, без винятку, станів, а не тільки з «благородних». Важливо, що це нововведення підтримували Олександр ІІ і імператриця Марія Олександрівна. Урочисте відкриття жіночого училища, який отримав за височайшим указом, назва Фундуклеївський, відбулося 7 січня 1860. До навчання приймалися дівчатка у віці від 9 до 13 років. Повний курс становив шість років. Для неписьменних дівчаток був підготовчий клас. У гімназії викладалися Закон Божий, російська словесність, історія, географія, природознавство, арифметика, французька, німецька та польська мови, малювання, рукоділля, музика, спів і танці. Спочатку тут навчалося 40 дівчат та серед них — дочка генерал-губернатора Васильчикова, яку він віддав до гімназії, щоб показати приклад. До кінця першого навчального року було вже 75 вихованок, а 1866 року - 525 учениць. Посаду директора гімназії посів ад'юнкт-професор університету св. Володимира Андрій Іванович Линниченко. Навчання у Фундуклеївській гімназії було платне. Річна плата сягала 25 карбованців на рік. Завдяки заможнім підприємцям, що були почесними опікунами гімназії, дівчата з незаможних родин мали можливість навчатися безкоштовно. Серед почесних опікунів були такі відомі особистості, як Лазар Бродський, Мойсей Гальперін, Лев Гінзбург, Михайло Дегтерьов, Давид Марголін, Микола Терещенко. У 1910 році, коли відзначали 50-річчя навчального закладу, було підраховано, що загальна кількість гімназисток - фундуклеевок за цей період досягла 33 тисяч.
У гімназії навчалися: дочка статського радника Ганна Горенко (майбутня поетеса Анна Ахматова), що опублікувала свій перший вірш в рік закінчення навчання (1907). Фундуклеївська жіноча гімназія по вулиці Фундуклеївській, 6 проіснувала до встановлення в Києві радянської влади.
